Если задать значение обычного поля в Drupal 8 можно с помощью метода setValue() ($node->field_name->setValue(«Some value»);), то для выбора значений из списка нужно воспользоваться методом appendItem(). Вот как я сделал это при создании ноды из стороннего XML:

foreach($plan->Exams->Exam as $exam)
{
  $node->field_exams->appendItem($exam->ExamName);
}